- BJ Habibie (1998-1999)
Pasca 21 Mei 1998, penghapusan dwifungsi dan penarikan militer dari politik terus disuarakan mahasiswa. Menanggapi hal itu, Bacharuddin Jusuf Habibie melakukan reformasi militer. Langkah pertama yang diambilnya, yaitu pemisahan Polri dari militer, sehingga membuat sebutan ABRI berubah kembali menjadi TNI.
Berdasarkan UU No. 33 Tahun 1999 tentang Perhitungan Anggaran Negara Tahun Anggaran (TA) 1997/1998, pengeluaran rutin sektor pertahanan dan keamanan selama setahun Presiden Habibie berkuasa sebesar Rp 6,28 triliun. Sedangkan pengeluaran pembangunan sektor pertahanan dan keamanan adalah Rp 1,91 triliun.
- Abdurrahman Wahid (1999-2001)
Keputusan awal Abdurrahman Wahid alias Gus Dur saat menjadi presiden adalah menata TNI. Dia memisahkan jabatan Menteri Pertahanan (Menhan) dengan panglima TNI. Gus Dur pun merevisi UU No. 20 Tahun 1982 tentang Ketentuan-Ketentuan Pokok Pertahanan Keamanan Negara Republik Indonesia dan UU No. 2 Tahun 1988 tentang Prajurit Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (ABRI).
Sebagaimana UU No. 2 Tahun 2000 tentang APBN Tahun 2000, besaran pengeluaran rutin sektor pertahanan dan keamanan, yaitu Rp 8,7 triliun. Jumlah yang dialokasikan sebesar Rp 5,4 triliun untuk TNI, Rp 3,1 triliun untuk Kepolisian, dan Rp 169,8 miliar untuk subsektor pendukung.
Selanjutnya: Anggaran Pertahanan di Era Presiden Megawati...