Sementara itu menurut skenarionya, pemindahan kelembagaan ke IKN baru akan dibagi menjadi lima klaster dan dilakukan bertahap sampai 2045. Klaster pertama meliputi presiden dan wakil presiden, lembaga tinggi negara (MPR, DPR, DPR, MA, MK, BPK, Komisi Yudisial); Kementerian Koordinator, Kementerian Triumvirat (Kemendagri, Kementerian Luar Negeri, dan Kementerian Pertahanan).
Selanjutnya, Kementerian Sekretariat Negara, Sekretaris Kabinet, KSP, dan Wantimpres. Selanjutnya, Kementerian PPN/Bappenas, Kementerian Keuangan, Kementerian PANRB, dan BPKP. Ada juga Kementerian Komunikasi dan Informatika, Kementerian PUPR, Kementerian ATR/BPN, TNI, Polri, Paspamres, BIN, BSSN, Kejaksaan Agung, Kementerian Hukum dan HAM, serta Komisi Pemberantasan Korupsi.
Sedangkan klaster kedua meliputi Kementerian Perhubungan, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan, dan Kementerian BUMN. Lalu, Kementerian Agama; Kementerian Kesehatan; Kementerian Pendidikan, Kebudayaan Riset, dan Teknologi; Kementerian Sosial, Kementerian Desa dan PDTT; Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak, serta Kementerian Pemuda dan Olahraga.
Klaster ketiga meliputi Kementerian Perdagangan, Kementerian Perindustrian, Kemenkop-UKM, Kementerian Ketenagakerjaan, Kementerian ESDM, Kementerian Kelautan dan Perikanan, Kementerian Pariwisata dan Ekonomi Kreatif, serta Kementerian Investasi. Klaster keempat mencakup BPS, BKN, LAN, BKKBN, BNN, BNPB, BNPT, Basarnas, BIG, Bakamla, Lemhanas, Wantannas, LKPP, BRIN, dan BPOM. Klaster kelima adalah KPU, Bawaslu, DKPP, PPATK, ORI, KASN, BPIP, BNPP, KIP, KKIP, dan DPOD.
Anggaran IKN
