Barulah pada 2000-2013, Emir Moeis menjabat sebagai salah satu anggota DPR RI. Saat menjadi anggota DPR inilah, ia terjerat kasus korupsi. Ia ditetapkan menjadi tersangka pada 26 Juli 2012.
Pada 14 April 2014, pengadilan menghukum politikus PDI Perjuangan ini dengan 3 tahun penjara dan denda Rp 150 juta subsider 3 bulan kurungan. Hakim menilai Emir terbukti menerima hadiah atau janji dari konsorsium Alstom Power Incorporate Amerika Serikat dan Marubeni Incorporate Jepang sebesar US$ 357 ribu saat menjabat Wakil Ketua Komisi Energi DPR.
"Menjatuhkan pidana kepada terdakwa selama 3 tahun dan denda Rp 150 juta dengan ketentuan jika denda tak dibayar diganti kurungan selama 3 bulan," kata ketua majelis hakim Matheus Samiaji saat membacakan amar putusan di Pengadilan Tindak Pidana Korupsi Jakarta.
Pada 5 Maret 2016, Emir Moeis bebas. Kabar keluarnya dari penjara telah diberitakan sejumlah media nasional.
Tempo juga meminta penjelasan ke Staf Khusus Menteri BUMN Arya Sinulingga soal penunjukan Emir Moeis sebagai komisaris di perusahaan pelat merah tersebut. Tapi hingga berita ini ditulis, Arya belum memberikan respons.
Baca: Sri Mulyani Jelaskan soal Bantuan UKT Rp 2,4 Juta untuk Mahasiswa di 2021