Dia lalu hijrah ke BUMN, yakni PT Bank BNI Tbk, sebagai staf ahli direktur utama sekaligus Komisaris Utama Bank BRI pada 2004. Karier di BUMN tak berhenti di situ. Pada 2004 selama setahun hingga 2005, Praetio melanjutkan kariernya di PT Merpati Nusantara Airlines sebagai direktur keuangan.
Tiga tahun kemudian, Prasetio ditunjuk sebagai Direktur Compliance & Risk Management PT Telekomunikasi Indonesia atau Telkom. Karier Prasetio di Telkom ia jabat selama lima tahun hingga 2012.
Setelah itu, pria kelahiran Surabaya, 23 November 1960 ini didapuk menjadi Direktur Utama Perum Peruri. Dia menjabat di Peruri sampai 2017.
Komisaris Utama Garuda Indonesia (Persero) Triawan Munaf mengemukakan alasan pancopotan Fuad Rizal sebagai direktur keuangan perseroan. Triawan mengatakan keputusan itu merupakan permintaan dari pemegang saham.
“Permintaan dari pemegang saham Seri-A Dwiwarna diwakili oleh Menteri BUMN,” ujar Triawan kepada Tempo.