Jika selama PSBB perseroan melayani sekitar 60 pengguna per kereta, di masa PSBB Transisi ini KRL dapat melayani 74 penumpang per kereta. Agar batasan ini dapat diterapkan, upaya yang dilakukan perseroan adalah dengan melakukan pembatasan masuk stasiun dan KRL sehingga pengguna di stasiun-stasiun berikutnya juga dapat terlayani. Jarak antara kereta di lintas yang padat seperti Lintas Bogor juga telah dimaksimalkan hingga lima menit, sesuai infrastruktur perkeretaapian yang tersedia.
Dengan banyaknya masyarakat yang kembali beraktivitas dan kapasitas yang dibatasi untuk memungkinkan jaga jarak di dalam KRL, perseroan telah memperkirakan akan ada antrean terutama pada jam-jam sibuk. "Dari pantauan di sejumlah stasiun, cukup banyak pula pengguna yang baru kembali menggunakan KRL setelah beberapa bulan beraktivitas dari rumah sehingga belum terbiasa dengan protokol kesehatan yang ada," tutur Anne.
KCI pun telah mempersiapkan beberapa tahapan operasional dan layanan hingga nanti keadaan dinyatakan dapat normal sepenuhnya. Misalnya, peningkatan kapasitas angkut KRL yang diizinkan, namun dengan memperketat kelengkapan kesehatan yang harus dipenuhi pengguna saat naik kereta, antara lain pelindung wajah atau face shield dan baju lengan panjang. Tahapan yang dirancang ini merupakan antisipasi volume penumpang yang terus meningkat setiap harinya.
"Mulai hari ini KCI juga sudah menerapkan aturan pembatasan jam terkait penumpang lansia dan penumpang dengan barang dagangan, serta untuk balita sementara dilarang naik KRL. Larangan berbicara selama berada di dalam KRL juga telah diterapkan," tutur Anne.
Selain menjaga jarak, pengguna juga harus mengikuti protokol kesehatan lainnya yaitu menggunakan masker, dan mengikuti pengukuran suhu tubuh. Pengguna juga disarankan mencuci tangan dengan air mengalir dan sabun sebelum maupun sesudah naik KRL. Untuk itu KCI telah menyiapkan wastafel tambahan di 80 stasiun agar penumpang dapat lebih mudah menerpkan kebiasaan cuci tangan ini.